Chaque année plus de 60% de l’effectif de 6ème est constitué d’élèves provenant de l’école primaire Saint Joseph. Cela représente un intérêt pédagogique certain pour organiser le lien entre le primaire et le secondaire.
Le professeur coordinateur du niveau, les enseignants et le préfet sont en lien constant avec la directrice de l’école primaire Saint-Joseph pour ajuster les exigences de travail du cycle 3.
Une journée "portes ouvertes" permet aux enfants de CM2 de découvrir l’établissement avec leur famille, lors d’une visite guidée par les enseignants.
Dans le courant de l'année, des élèves de 7ème du primaire Saint-Joseph sont invités à découvrir lors d'une demi-journée d'intégration dans les classes. De la même manière, les élèves de 7ème découvrent le spectacle "journée des talents" présenté par les élèves de 6ème.
Au mois de mai, les jeunes sont invités à la fête de l'établissement, afin de découvrir les réalisations, expositions, spectacles...
Le jour de la rentrée, le collège est réservé aux 6ème, avec un programme de découverte de leur nouvel environnent physique et humain. Présentation des enseignants le matin, temps privilégié avec le professeur principal, découverte de l’établissement, jeux en plein air sur le thème de la connaissance de l’autre l’après midi, présentation de la pastorale sont autant de moyens mis en œuvre pour réussir le pari de l’accueil et de l’intégration.
En 6ème , dernière année du cycle 3, l' accent est mis sur le renforcement des fondamentaux que sont le français et les mathématiques dans le cadre de l'accompagnement personnalisé (AP).L'anglais première langue vivante est dispensé la plupart du temps en petits groupes pour faliciter la participation orale. Par ailleurs, pour les élèves qui le souhaitent des modules de langue hors contrat sont mis en place en allemand. Le même principe existe en anglais pour préparer les examens Cambridge reconnus dans le monde entier. L'etablissement Saint-Joseph dispose du label Cambridge.